Neandertal genleri, modern insanların DNA’sında iz bırakmış ve bu genler, Avrupa ve Asya kökenli bireylerde daha yaygın olarak bulunur. Neandertal genetik mirası, Afrikalı kökenli bireylerde genellikle daha azdır. Bunun nedeni, Neandertallerin Avrupa ve Asya’da yaşadıkları dönemde modern insanlarla etkileşimde bulunmuş olmalarıdır.

Yaklaşık olarak modern insanların DNA’sının %1-2’si Neandertal kökenlidir. Bu genler, çeşitli fiziksel ve bağışıklık sistemine dair özellikler üzerinde etkili olabilir.