Karaciğer biyopsisi genellikle ağrılı bir işlem olarak kabul edilmez, ancak bazı kişiler hafif rahatsızlık hissi veya ağrı yaşayabilir. İşlem sırasında, lokal anestezi uygulanarak karaciğerin bulunduğu bölge uyuşturulur, bu sayede kesilme veya iğne batması hissi minimal olur. Ancak, bazı hastalar biyopsi sonrası birkaç saat sürebilen hafif ağrı, rahatsızlık veya yanma hissi yaşayabilir. Çoğu kişi biyopsi sonrası birkaç gün içinde normal aktivitelerine dönebilir. Ağrı seviyeleri kişiden kişiye değişebilir, bu nedenle bu konuda doktora başvurmak önemlidir.