Bonsai tohumu ekimi, türüne ve iklim koşullarına bağlı olarak değişiklik gösterse de genel olarak şu kurallar geçerlidir:

1. İlkbahar (Mart – Mayıs):
   Çoğu bonsai ağacı tohumu, büyüme dönemi başladığında, yani ilkbaharda ekilir. Toprak ısısı 15–20 °C civarına ulaştığında çimlenme daha hızlı olur.

2. Sonbahar (Eylül – Ekim):
   Bazı sert iklim ağaçları (örneğin çam türleri) sonbaharda ekilir, çünkü tohumlar kış soğuğunu takiben doğal olarak çimlenir. Bu yöntem “soğuk çimlenme” (stratifikasyon) gerektiren türler için uygundur.

İpuçları:

• Tohumları ekmeden önce türüne göre bazı tohumlar 24 saat suda bekletilir veya soğuk nemli ortamda 1–3 ay bekletilir.

• Toprak nemli ama su dolu olmamalı, iyi drene olmalı.

• Tohumları doğrudan güneş ışığı almayan, aydınlık bir yerde çimlendirmek en iyisidir.