Böbrek kisti ağrısı, genellikle bel bölgesinde, yani sırtın alt kısmında ve yanlarda hissedilir. Bu bölgelerin alt kısmında, kaburgaların altında veya belin hemen üzerinde hissedilen bir ağrı olabilir. Ancak her hasta farklı olabilir ve böbrek kisti ağrısı kişiden kişiye değişebilir. Bazı insanlar sırtta, yanlarda veya karın bölgesinde yayılan bir ağrı hissederken, diğerleri sadece bir tarafta lokalize bir ağrı yaşayabilir. Böbrek kisti ile ilişkilendirilen ağrı, kistin boyutu, konumu ve etkilediği dokulara bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Eğer böbrek kisti şüphesi varsa veya belirtiler devam ediyorsa, bir sağlık uzmanına danışmak önemlidir.