Balık yağının genellikle iyi bilinen birkaç yan etkisi vardır. Bunlar genellikle düşük yoğunluklu lipoprotein (LDL) kolesterol seviyelerini artırabilir. Ayrıca, bazı kişilerde mide rahatsızlığına, ishale veya kabızlığa neden olabilir. Aşırı miktarda alındığında, kan pıhtılaşmasını etkileyebilir, bu da kanama riskini artırabilir. Bununla birlikte, çoğu insan için, balık yağı takviyeleri genellikle güvenlidir ve genellikle birçok sağlık faydası sağlar. Ancak, herhangi bir diyet takviyesi veya ilaç gibi, balık yağı takviyelerini almadan önce doktorunuza danışmanız önemlidir, özellikle diğer ilaçlar alıyorsanız veya belirli sağlık koşullarınız varsa.