Türk Ortodoks Kilisesi, 1922 yılında Kayseri’de kurulmuştur. Daha sonra merkezi İstanbul’a taşınmıştır. Kilise, Mübadele döneminde Türkiye’de kalan Ortodoks Türkleri temsil etmek amacıyla Pavlos Karahisarithis (sonradan Zeki Erenerol) öncülüğünde kurulmuştur. Günümüzde İstanbul’da Beyoğlu’ndaki Meryem Ana Türk Ortodoks Kilisesi, patrikhane olarak faaliyet göstermektedir.